敦化历史悠久，素有“千年古都百年县”之称。公元698年， 粟末靺鞨首领大祚荣率众在此筑城自固，建都称王，号称震国。公元713年，唐玄宗册封大祚荣为渤海郡王，始称渤海国，建都于忽汗城，即今敦化。到了明清时期，又被称作敖东城。作为满清皇族发祥地，清初这里被封禁达二百年之久，1882年设治立县，取《四书中庸》中“小德川流，大德敦化”之句，寄“敦风化俗”之意，定名为敦化。
唐初为忽汗州治。渤海为中京显德府治。公元742～756年为渤海王都城。辽为顺化王部。金属会宁府。元属古州千户所。明清时期称作敖东城，是满清皇室发祥地。清初为额穆赫佐罗，属吉林将军，清光绪八年（1882）为敦化县，属吉林府。1914年属吉林延吉道。解放战争时期，敦化是中共吉敦地委所在地，1946年，中共吉林省委、吉林省政府暂住敦化。1958年由省辖县划归延边州。1985年撤县改市。
1999年12月13日，经吉林省人民政府批准，撤销敦化市林胜乡，将其所辖行政区域划归官地镇管辖；撤销沙河桥乡，将其所辖行政区域划归沙河沿镇管辖；撤销太平岭乡、江东乡、江南乡、设立江南镇，将原太平岭乡、江东乡、江南乡管辖的行政区域划归江南镇管辖．镇人民政府驻江东。2003年11月19日，州人民政府《关于敦化市红石乡政府驻地迁址及大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇的批复》（延州政函[2003]283号）：根据省民政厅《关于敦化市红石乡政府驻地迁址的批复》（吉民行批[2003]9号）和《关于敦化市大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇的批复》（吉民行批[2003]10号）精神，州人民政府同意敦化市将红石乡政府驻地迁移到红石乡临江村，并将大山嘴子镇更名为雁鸣湖镇。
